Persebaya juga dikenal sebagai klub yang sering menjadi penyumbang pemain ke tim nasional Indonesia baik yunior maupun senior. Sederet nama seperti Abdul Kadir, Rusdy Bahalwan, Rudy Keltjes, Didiek Nurhadi, Soebodro, Riono Asnan, Yusuf Ekodono, Syamsul Arifin, Subangkit, Mustaqim, Eri Irianto, Bejo Sugiantoro, Anang Ma'ruf, Hendro Kartiko, Uston Nawawi, Chairil Anwar, dan Mursyid Effendi merupakan sebagian pemain timnas hasil binaan Persebaya.
Salah satu yang cukup dikenang adalah Eri Irianto, pemain timnas era 1990-an yang meninggal dunia pada tanggal 3 April 2000 setelah tiba tiba menderita sakit saat Persebaya menghadapi PSIM Yogyakarta dalam pertandingan Divisi Utama Liga Indonesia 1999/2000. Eri Irianto meninggal di rumah sakit pada malam harinya. Nama Eri kemudian dipakai sebagai nama Wisma/Mess Persebaya yang diresmikan pada tanggal 25 April 1993.
Persebaya pernah mendapat pemain yang sangat berkualitas di ajang Liga Djarum 2005, pemain itu bernama Zeng Cheng ia berposisi sebagai Kiper. Zeng Cheng berasal dari China dan bagusnya ia membela Timnas U-20 China sebagai Kiper Cadangan. Dan sekarang, Zeng Cheng masuk daftar Kiper ketiga di Timnas Senior China.
Pada tahun 2009 Persebaya Surabaya telah mendapatkan pemain bintang asli Indonesia diantaranya : Wijay, Korinus Fingkreuw dari Sriwijaya FC, dan Supriyono dari Persija Jakarta. Dimana tiga pemain ini pernah membela Timnas Indonesia di ajang Internasional. Dan tak lupa Persebaya Surabaya telah mendatangkan pemain asing yang sangat bagus diantaranya : Ngon A Djam asal Kamerun, John Tarkpor Sonkaley yang juga Pemain Timnas Liberia, Josh Maguire asal Australia, Dan Defender senior asal Jepang Takatoshi Uchida.
